/[debian-med]/trunk/community/infrastructure/getData/getData
ViewVC logotype

Diff of /trunk/community/infrastructure/getData/getData

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 2129 by smoe-guest, Thu Jul 3 12:34:40 2008 UTC revision 2130 by smoe-guest, Thu Jul 3 13:49:11 2008 UTC
# Line 116  hence made with databases from astronomy Line 116  hence made with databases from astronomy
116    
117      Perform only the unpacking/indexing, but do not retrieve/update the databases. This option may be beneficial when the site administator is aware of current analyses that should not be disturbed by the indexing process but the downloading from the net can already be started.      Perform only the unpacking/indexing, but do not retrieve/update the databases. This option may be beneficial when the site administator is aware of current analyses that should not be disturbed by the indexing process but the downloading from the net can already be started.
118    
119    =item --config <system>
120    
121        Preparation of the configuration file that would be reuired for a particular system that deals with the database. The configuration is printed to stdout and is expected to be copied manually to the proper file or folder. One could imagine this process to be automated, though this is not yet implemented. Currently implemented systems are: emboss and dre. "dre" stands for "dynamic runtime environment", which is a concept of the ARC grid middleware of which more can be learned on http://www.nordugrid.org.
122    
123  =back  =back
124    
125  =head1 EXAMPLES  =head1 EXAMPLES
# Line 223  my %toBeMirrored = ( Line 227  my %toBeMirrored = (
227                  source => "wget --mirror ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/swissprot/release_compressed/uniprot_trembl.dat.gz",                  source => "wget --mirror ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/swissprot/release_compressed/uniprot_trembl.dat.gz",
228                  "post-download" => "d=uncompressed; if [ ! -d \$d ]; then mkdir \$d; fi; "                  "post-download" => "d=uncompressed; if [ ! -d \$d ]; then mkdir \$d; fi; "
229                                    ."rm -rf \$d/trembl.dat; "                                    ."rm -rf \$d/trembl.dat; "
230                                    ."(find ftp.ebi.ac.uk -name '*.dat.gz' | xargs -r zcat ) > \$d/swissprot.dat; "                                    ."(find ftp.ebi.ac.uk -name '*.dat.gz' | xargs -r zcat ) > \$d/trembl.dat; "
231                                    ."[ -x /usr/bin/dbxflat ] && dbxflat -dbname swisslocal -fields acc,des"                                    ."[ -x /usr/bin/dbxflat ] && cd \$d && dbxflat -dbresource embl -dbname trembllocal -fields acc,des -auto"
232          },          },
233    
234          "swiss.dat" => {          "swiss.dat" => {
# Line 233  my %toBeMirrored = ( Line 237  my %toBeMirrored = (
237                  "post-download" => "d=uncompressed; if [ ! -d \$d ]; then mkdir \$d; fi; "                  "post-download" => "d=uncompressed; if [ ! -d \$d ]; then mkdir \$d; fi; "
238                                    ."rm -rf \$d/swissprot.dat; "                                    ."rm -rf \$d/swissprot.dat; "
239                                    ."(tfind ftp.ebi.ac.uk -name '*.dat.gz` | xargs -r zcat ) > \$d/swissprot.dat; "                                    ."(tfind ftp.ebi.ac.uk -name '*.dat.gz` | xargs -r zcat ) > \$d/swissprot.dat; "
240                                    ."[ -x /usr/bin/dbiflat ] && dbiflat -dbname swisslocal -fields acc,des"                                    ."[ -x /usr/bin/dbiflat ] && cd \$d && dbiflat -dbresource embl -dbname swisslocal -fields acc,des -auto"
241          #       source => "wget --mirror ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/swissprot/release_compressed/uniprot_sprot.dat.gz"          #       source => "wget --mirror ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/swissprot/release_compressed/uniprot_sprot.dat.gz"
242          },          },
243    
# Line 258  my %toBeMirrored = ( Line 262  my %toBeMirrored = (
262  #       }  #       }
263  );  );
264    
265  my ($post,$source,$list,$help,$man,$verbose)=(undef,undef,0,0,0,0);  my ($post,$source,$config,$list,$help,$man,$verbose)=(undef,undef,undef,0,0,0,0);
266    
267  my %options=("mirrordir:s" => \$mirrordir,  my %options=("mirrordir:s" => \$mirrordir,
268               "list" => \$list,               "list" => \$list,
269               "help"=>\$help, "man"=>\$man,               "help"=>\$help, "man"=>\$man,
270               "verbose"=>\$verbose,               "verbose"=>\$verbose,
271               "post"=>\$post,               "post"=>\$post,
272                 "config:s@"=>\$config,
273               "source"=>\$source);               "source"=>\$source);
274    
275    
276  my ($do_source,$do_post)=(1,1);  my ($do_source,$do_post,$do_config)=(1,1,0);
277    
278    
279  sub myhelp () {  sub myhelp () {
# Line 293  if ($post) { Line 298  if ($post) {
298          print "disabling retrieval of database updates.\n";          print "disabling retrieval of database updates.\n";
299          $do_source=0;          $do_source=0;
300          $do_post=1;          $do_post=1;
301            $do_config=0;
302  }  }
303  if ($source) {  if ($source) {
304          print "disabling unpacking and indexing.\n";          print "disabling unpacking and indexing.\n";
305          $do_post=0;          $do_post=0;
306          $do_source=1;          $do_source=1;
307            $do_config=0;
308    }
309    if ($config) {
310            print "disabling retrieval of updates and their unpacking/indexing.\n";
311            $do_post=0;
312            $do_source=0;
313            $do_config=1;
314  }  }
315    
316  if ($verbose) {  if ($verbose) {
# Line 316  if ($list) { Line 329  if ($list) {
329          exit 0;          exit 0;
330  }  }
331    
332  die "Cannot write to root destination directory at '$mirrordir'.\n" unless ( -w "$mirrordir" );  die "Cannot write to root destination directory at '$mirrordir'.\n" unless ( -w "$mirrordir" or $do_config);
333    
334  #print join(", ",@ARGV)."\n";  #print join(", ",@ARGV)."\n";
335    
336  my $d=getcwd();  my $d=getcwd();
337    
338  foreach my $db (@ARGV) {  foreach my $db (@ARGV) {
339    
340          unless(exists($toBeMirrored{$db})) {          unless(exists($toBeMirrored{$db})) {
341                  print STDERR "Unknown database: '$db'\n";                  print STDERR "Unknown database: '$db'\n";
342                  next;                  next;
343          }          }
344    
345            if ($do_config) {
346                    foreach my $system (@$config) {
347                            if ("emboss" eq "$system") {
348                                    if ($db =~ /(swiss|trembl).dat/ ) {
349                                            print "\n";
350                                            print "########### " . $db . " ##############\n";
351                                            print "\n";
352                                            print "DB ";
353                                            my $n=$db;
354                                            $n =~ s/\.dat$//;
355                                            print $n;
356                                            print "local [\n";
357                                            print "  type: P\n";
358                                            print "  format: swiss\n";
359                                            if ($db eq "swiss.dat") {
360                                                    print "  method: emblcd\n";
361                                            }
362                                            elsif ($db eq "trembl.dat") {
363                                                    print "  method: emboss\n";
364                                            }
365                                            else {
366                                                    print "  # method: unknown\n";
367                                            }
368                                            print "  directory: $mirrordir/$db/uncompressed/$db\n";
369                                            print "]\n";
370                                            print "\n";
371                                            print "####################################\n";
372                                    }
373                            }
374                            elsif ("dre" eq "$system") {
375                                    if ( -d "$mirrordir/$db" ) {
376                                            print "MIRRORDIR=\"$mirrordir\"\n";
377                                    }
378                                    else {
379                                            print STDERR "$db: not installed, configuration not printed.
380                                    }
381                            }
382                            else {
383                                    print "Unknown system $system\n";
384                            }
385                    }
386            }
387    
388          print STDERR "\"$db\" -> \"$mirrordir\"\n";          print STDERR "\"$db\" -> \"$mirrordir\"\n";
389          print "Mirroring ".$toBeMirrored{$db}{"name"}." ($db)\n";          print "Mirroring ".$toBeMirrored{$db}{"name"}." ($db)\n";
390    
Legend:
Removed from v.2129  
changed lines
  Added in v.2130
  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.5